Am 2. September 2004, dem Tag des Brandes, waren 196.000 Bücher im Historischen Bibliotheksgebäude untergebracht, weitere 800.000 Bücher in vier Außenmagazinen deponiert. 28.000 Bände wurden unversehrt aus dem Rokokosaal geborgen. 50.000 Bücher sind verbrannt. 118.000 Bücher konnten nur noch beschädigt geborgen werden.
Von den 118.000 beschädigten Büchern wiesen 56.000 Bücher Ruß-, Rauch- und verschiedene Schadstoffbelastungen auf. 62.000 Bücher hatten leichte bis irreparable Schäden durch Löschwasser, Hitze und Feuer. Dazu gehören 37.000 Bücher mit Einbandschäden sowie 25.000 Bergungseinheiten aus dem Brandschutt. Diese sogenannten Aschebücher entsprechen insgesamt 7 Millionen Einzelblättern.
2004 bis 2018 wurden alle 56.000 ruß- und rauchgeschädigten Bücher mit Schadstoffbelastungen gereinigt, dekontaminiert und konservatorisch versorgt. Die 37.000 Bücher mit Einbändschäden sind mittlerweile fast vollständig restauriert. Von den 7 Millionen Blatt Aschebüchern sind 1,5 Millionen Blatt zur Restaurierung vorgesehen. Bislang konnten 0,86 Millionen Blatt restauriert werden.
2004 gab es keine Methode, um Brandschäden an Büchern in großen Mengen konservatorisch und restauratorisch zu behandeln. Mit Unterstützung der Vodafone Stiftung Deutschland hat die Herzogin Anna Amalia Bibliothek 2008 die bundesweit einzige Restaurierungswerkstatt für brandgeschädigtes Schriftgut in Weimar-Legefeld errichtet. Hier werden durch ein standardisiertes Verfahren jährlich circa 60.000 Blatt restauriert.
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